Shadow Mario is een slechte 'dubbelganger' van Mario.
In Super Mario Sunshine, waar Shadow Mario zijn debuut maakte, gaan Mario, Peach en Toadsworth op vakantie naar het eiland Isle Delfino. Isle Delfino wordt bedreigd door een crimineel die overal graffiti spuit. Alle bewoners van het eiland denken dat Mario deze crimineel is, omdat de schaduw van de crimineel hetzelfde is als die van Mario. Mario is echter onschuldig, want deze crimineel is Shadow Mario. En Shadow Mario is eigenlijk ook niet echt, want later in het spel komt Mario erachter dat Shadow Mario eigenlijk Bowser Jr. is, vermond als iemand die op Mario lijkt. De opdracht die Bowser Jr, uitvoert, is gegeven door zijn vader: niemand minder dan Bowser. Bowser heeft Bowser Jr. verteld dat Princess Peach de moeder van Bowser Jr. is, en dat Mario haar af wil pakken. Uiteindelijk lukt het Mario toch om Peach te redden van Bowser en Bowser Jr.
Na Super Mario Sunshine, verschijnt Shadow Mario als een bespeelbaar personage in Mario Golf: Toadstool Tour.