Boo Mario is een transformatie van Mario.
Mario verandert in Boo Mario bij het oppakken van een Boo Mushroom. Met deze transformatie verandert Mario in een Boo. Boo Mario kan zweven, en als de speler de Wii-afstandsbediening schudt, wordt Mario onzichtbaar en kan hij door muren heen zweven. Als Boo Mario een Boo nadert, wordt de Boo verliefd op hem en achtervolgt hem. Hierdoor kan Mario de Boo voor verschillende dingen gebruiken. Ook kan Boo Mario de taal van de Boo's verstaan. Boo Mario debuteerde in Super Mario Galaxy, en verscheen daarna nog in Super Mario Galaxy 2. Je raakt de power-up kwijt als je in het licht vliegt.