Les boutiques ou magasins sont des lieux où le joueur peut vendre et acheter des objets. Les boutiques apparaissent d'abord dans Super Mario RPG: Legend of the Seven Stars, où ils vendent aussi des armes et des armures, puis dans divers jeux de rôle de la série. Dans Paper Mario et ses suites, il est possible de déposer et retirer des objets si l'inventaire est plein.
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Une boutique dans Paper Mario : La Porte Millénaire
Une boutique dans Super Paper Mario