La boîte Bowser est une boîte apparue dans Super Mario 3D Land qui arbore le logo de Bowser. La boîte est plutôt rare, elle permet de faire sortir une infinité de Goombas ou de Skelerex. Elle peut en mettre trois sur le terrain et, une fois l'un des ennemis vaincu, un autre vient prendre sa place ; il ne sert donc à rien de s'acharner dessus. Elle peut quand même être vaincue en Mario statue ou en Mario invincible. Son effet est similaire à celui du cube Bowser dans Super Mario Galaxy 2 d'où sort un ennemi si le cube atterrit sur une face Bowser.
La boîte Bowser réapparait plus tard dans Super Mario 3D World, mais cette fois, elle ne lâche que des Bob-omb. Dans ce jeu, les boîtes peuvent être détruites par Mario statue d'or.