Flying Mario on tuttu olomuoto Super Mario Galaxysta. Tällä olomuodolla pystyy lentämään. Lennon aikana soi erityinen musiikki, jonka loppuessa lento-ominaisuus loppuu. Musiikissa on kohtia, jotka muistuttavat pelin valikkomusiikkia. Tämän olomuodon saa ensimmäistä kertaa gatessa.