Baby Bowser ist Bowser als Kind, nicht etwa das Kind von Bowser. Baby Bowser ist Feind von den Yoshis und von (Baby) Mario. Baby Bowser war erstmals in Yoshi's Island zu sehen wo er Yoshi mit Stampfattacken bombadierte. Wenn man dachte er wäre besiegt kam Kamek und verwandelte ihn dann in Bowser.
Außerdem tritt er noch bei folgenden Spielen als Gegner auf: Yoshi's Story, Mario & Luigi: Zusammen durch die Zeit und Yoshi's Island DS.
Trivia
Baby Bowser sieht genauso aus wie Bowser Jr., der wahrscheinlich das Kind von Bowser ist.