Das Mutterschiff der Shroobs ist das Raumschiff, indem die junge Prinzessin Shroob in das Pilzkönigreich der Vergangenheit kommt.
Als Mario und Luigi es sehen, laufen sie sofort mit den Babys in den Kopf der Statue von Prinzessin Shroob. Dieser stellt sich als ein weiteres Ufo heraus und so kämpft man gegen das Mutterschiff. Jedes der beiden Raumschiffe hat vier Leben. Man selbst kann einen Laser schießen, welcher dem Mutterschiff aber nicht schadet, statt dessen muss man die fliegenden Untertassen, die die Shroob Prinzessin als Angreifer losschickt, so abschießen, dass sie gegen das Mutterschiff knallen. Dies muss man vier mal widerhohlen, um zu gewinnen. Man verliert allerdings wenn man das vierte Mal von einer der fliegenden Untertassen getroffen wird.
Mitten im Kampf
